Arquitectura comunitaria emergente a pesar de la distinta diversidad en el microbioma epidérmico global del tiburón ballena (Rhincodon typus)

Scientific Reports volumen 13, número de artículo: 12747 (2023) Citar este artículo

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Los microbiomas confieren rasgos fisiológicos beneficiosos a su huésped, pero la diversidad microbiana es inherentemente variable, lo que desafía la relación entre los microbios y su contribución a la salud del huésped. Aquí, comparamos la diversidad y la complejidad arquitectónica del microbioma epidérmico de 74 tiburones ballena individuales (Rhincodon typus) en cinco agregaciones a nivel mundial para determinar si las propiedades de la red pueden ser más indicativas de la relación microbioma-hospedador. Partiendo de la premisa de que se espera que los microbios exhiban patrones biogeográficos a nivel mundial y que grupos microbianos relacionados lejanamente pueden realizar funciones similares, planteamos la hipótesis de que los patrones de coexistencia de microbiomas ocurrirían independientemente de las tendencias de diversidad y que los microbios clave variarían entre ubicaciones. Descubrimos que la agregación de tiburones ballena fue el factor más importante para discriminar los patrones de diversidad taxonómica. Además, la arquitectura de la red de microbiomas fue similar en todas las agregaciones, con distribuciones de grados que coincidían con las redes de tipo Erdos-Renyi. Sin embargo, las redes derivadas del microbioma muestran modularidad, lo que indica una estructura de microbioma definitiva en la epidermis de los tiburones ballena. Además, los tiburones ballena albergaban 35 genomas ensamblados metagenomas (MAG) de alta calidad, de los cuales 25 estaban presentes en todas las ubicaciones de la muestra, lo que se denomina "núcleo" abundante. Se formaron dos grupos MAG principales, definidos aquí como Ecogrupo 1 y 2, según la cantidad de genes presentes en las vías metabólicas, lo que sugiere que hay al menos dos nichos metabólicos importantes dentro del microbioma del tiburón ballena. Por lo tanto, si bien la variabilidad en la diversidad del microbioma es alta, la estructura de la red y los taxones centrales son características inherentes del microbioma epidérmico de los tiburones ballena. Sugerimos que las interacciones huésped-microbioma y microbio-microbio que impulsan el autoensamblaje del microbioma ayudan a respaldar un núcleo abundante funcionalmente redundante y que se deben considerar las características de la red al vincular los microbiomas con la salud del huésped.

Para los organismos eucariotas, las diversas especies que componen sus microbiomas son más que simples pasajeros1: afectan los procesos metabólicos e inmunológicos2 y confieren funciones fisiológicas más allá de las capacidades innatas del huésped, promoviendo la salud3, 4. Estos servicios son el resultado de una multitud de interacciones entre los microbios y el huésped. Células que se establecen con el tiempo5. Sin embargo, la composición y diversidad de las especies del microbioma son muy variables en el espacio y el tiempo y entre individuos de especies similares6, a menudo sin consecuencias aparentes para el huésped. Estas observaciones sugieren que la función o los servicios prestados por el microbioma no se atribuyen simplemente a la presencia o abundancia de especies individuales7. La autoorganización, o red de interacción de las comunidades de microbiomas, es una explicación de cómo se mantienen los servicios consistentes que apoyan los microbiomas saludables8; sin embargo, sigue siendo una cuestión pendiente si los microbiomas del huésped exhiben una estructura emergente.

La autoorganización del microbioma se refiere al comportamiento colectivo de los miembros microbianos, capturado como patrones de población de grupos microbianos entre sí, descritos como coocurrencia: un patrón descrito como arquitectura del microbioma. Las propiedades arquitectónicas (es decir, el número de nodos y bordes asociados o el número de grupos formados por microbios que interactúan) del microbioma surgen en respuesta a procesos ecológicos y evolutivos9, que influyen en las interacciones huésped-microbio y microbio-microbio7. Juntos, estos procesos ecoevolutivos impulsan la dinámica poblacional de estos microbios, lo que da como resultado las propiedades arquitectónicas del microbioma. Por lo tanto, la reordenación de las poblaciones microbianas puede alterar posteriormente las funciones emergentes de los ecosistemas10. Como las redes son inherentemente jerárquicas11, la cuantificación de los diferentes atributos de estos niveles, como la complejidad de la red, la modularidad y las interacciones de grupos microbianos individuales, puede revelar importantes conocimientos ecológicos que impulsan la estructura de la comunidad12. Por ejemplo, la fluctuación en la complejidad arquitectónica del microbioma en respuesta a diferentes estrés abiótico da como resultado cambios en las propiedades de la comunidad emergente8, mientras que los organismos microbianos que forman subredes sugieren preferencias ambientales similares13, 14. Se predice que los microbios con muchas conexiones con otros grupos microbianos serán importantes en formación de nichos y considerados organismos clave15. Por estas razones, determinar la arquitectura de la red del microbioma es fundamental para comprender la estructura y función del microbioma.

En este estudio, examinamos los microbiomas epidérmicos en tiburones ballena (Rhincodon typus) para probar nuestra hipótesis de que la relación huésped-microbioma depende de la autoorganización de los miembros del microbioma para las funciones requeridas, en lugar de depender de grupos taxonómicos específicos. Los tiburones ballena son un sistema huésped no modelo ideal para abordar esta hipótesis fundamental del ensamblaje del microbioma por las siguientes razones: (1) Son parte del antiguo linaje de vertebrados existente de peces condrictios, lo que los coloca en un punto evolutivo fundamental para la comprensión de los vertebrados. relación del microbioma asociado al huésped; (2) son una de las pocas especies animales que tienen una distribución global, ocupando aguas tropicales/subtropicales entre las latitudes 30° N y 35° S16; y (3) estos animales forman agregaciones estacionales predecibles en sitios específicos aprovechando la proliferación de plancton. Utilizando metagenómica aleatoria, cuantificamos la arquitectura del microbioma de la epidermis de 74 tiburones ballena individuales distribuidos en cinco agregaciones de todo el mundo, que abarcan todas las cuencas oceánicas importantes. Nuestros resultados indican que la diversidad y composición del microbioma se corresponden con la agregación; sin embargo, la arquitectura del microbioma es una característica fundamental del microbioma epidérmico en todo el mundo. Además, abundantes miembros del microbioma central, identificados como genomas ensamblados en metagenoma (MAG), discriminaron en dos grupos principales, denominados ecogrupo 1 y 2 en función de las funciones genéticas potenciales, revelando al menos dos nichos ecológicos distintos dentro del microbioma epidérmico. Predecimos que estas distintas funciones respaldan importantes procesos metabólicos que pueden ayudar a estabilizar la arquitectura del microbioma del tiburón ballena.

Se recolectaron microbiomas epidérmicos de la superficie de la piel dorsolateral, en línea con la primera aleta dorsal de 74 tiburones ballena en cinco agregaciones distribuidas globalmente (Fig. 1; Tabla 1 del SI). El tamaño medio de la biblioteca osciló entre 335.820 (± 46.523) lecturas en Cancún y 701.829 (± 70.068) en Ningaloo (SI Fig. 1a; SI Tabla 1). La proporción de lecturas con asignaciones taxonómicas fue más baja en Ningaloo (taxones: 16,5% ± 1,5%) y más alta en Filipinas (54,4 ± 1,5%) (SI Fig. 1b).

La ubicación y los métodos de muestreo utilizados para analizar el microbioma de la piel de los tiburones ballena. Las ubicaciones de muestra provienen de agregaciones distribuidas globalmente y se indican con puntos de colores. Los insertos demuestran cómo se realizó el muestreo y el dispositivo de jeringa bidireccional para arrojar agua de mar estéril sobre la superficie de la piel de los tiburones ballena, aislando el microbioma epidérmico de la columna de agua circundante.

Las 20 familias microbianas más relativamente abundantes representaron del 66% al 82% de la abundancia proporcional total (Fig. 2a). Las familias proporcionalmente abundantes incluyeron Alteromonadaceae (máx.: media de Cancún de 18,7 ± 2,9%—mín: Filipinas 7,8 ± 1,7%), Flavobacteriaceae (máx.: Cancún 16,1 ± 2,2%—mín: Ningaloo 5,0 ± 0,9%); Pseudoalteromonadaceae (max: Ningaloo 11,5 ± 2,8%—min: Cancún 4,5 ± 1,2%) y Pseudomonadaceae (max: Cancún 9,8 ± 1,9%—min: Ningaloo 4,5 ± 0,8%). Unas pocas familias mostraron una abundancia relativa alta de tiburones en una agregación pero una abundancia baja en otros lugares; por ejemplo, Sphingomonadaceae tuvo una media de 10,5 (± 1,8) % en Filipinas, y Pelagibacteraceae una media de 14,6 (± 1,9) % en Ningaloo (Fig. 2a).

Diversidad taxonómica del microbioma y patrones de composición de los tiburones ballena en cinco ubicaciones. (A) Distribución media de los 20 taxones más abundantes a nivel de familia encontrados en todas las ubicaciones. El tamaño del punto corresponde a la proporción relativa de cada familia. La proporción del tamaño de los puntos se indica debajo de la figura. (B) Diversidad alfa taxonómica medida como número efectivo de familias microbianas. Los puntos sobre los cuadros demuestran la distribución de los valores de diversidad para cada ubicación. Las letras corresponden a la ubicación cuya comparación es significativamente diferente en p < 0,05. Las figuras A y B comparten etiquetas de ubicación. (C) Patrones de composición del microbioma taxonómico del tiburón ballena basados en la disimilitud de Bray-Curtis. Cada punto representa una muestra metagenómica y la elipse indica el 95% de confianza para la dispersión de la muestra en cada ubicación en el espacio multivariado.

La diversidad efectiva a nivel familiar fue significativamente diferente entre las agregaciones (Kruskal-Wallis χ2 df = 4 = 30.02; p <0.01; Fig. 2b; SI Tabla 2) y Cancún tuvo los microbiomas menos diversos (Diversidad efectiva; eH`: 20.4 ± 1.21) y Ningaloo el más diverso (47,9 ± 4,25). La riqueza de las familias microbianas también fue significativamente diferente entre las agregaciones (Kruskal-Wallis χ2 gl = 4 = 17,1; p < 0,01; min: La Paz 338 ± 17,6 familias – máx: Tanzania 384 ± 4,6 familias, SI Fig. 2a; SI Tabla 3 ) al igual que la uniformidad (Kruskal-Wallis χ2 gl = 4 = 30,3; p <0,01; uniformidad de Pielou; min: 0,51 ± 0,01 en Cancún; máx: 0,6 ± 0,02 en Ningaloo SI Fig. 2b; SI Tabla 4). Por lo tanto, tanto el número de familias microbianas como la abundancia relativa de cada familia microbiana afectaron los patrones de diversidad de los microbiomas entre las agregaciones.

Los patrones de composición de los microbiomas epidérmicos del tiburón ballena también variaron. Primero probamos los microbiomas del tiburón ballena en muestras de agua recolectadas en cada ubicación. Los microbiomas epidérmicos del tiburón ballena variaron con respecto a la columna de agua (PERMANOVA: Pseudo-F df = 1, 79 = 2,43, p <0,05; R2 = 0,03, SI Fig. 3). Luego analizamos varios factores para determinar el mejor predictor de la diferencia en la composición del microbioma entre los tiburones. La agregación fue el predictor más fuerte de la variación del microbioma (PERMANOVA: Pseudo-F df = 4,69 = 4,09, p <0,001; R2 = 0,19; Fig. 2c). La cuenca oceánica en la que se produjo la agregación del tiburón ballena también fue significativa, pero con menos poder explicativo (PERMANOVA: Pseudo-F 2,71 = 4,52, p < 0,001; R2 = 0,11). Además, probamos la estructura poblacional de tiburones ballena agrupando ubicaciones según estimaciones de población de tiburón ballena bien establecidas16 y encontramos agrupaciones significativas, pero con una variación mucho menos explicada (PERMANOVA: Pseudo-F 1,72 = 6,55, p < 0,001; R2 = 0,08). , relativo al factor de agregación. Se realizó un PERMANOVA por pares en la agregación e indicó que la composición taxonómica de los microbiomas de los tiburones ballena de Cancún era diferente a todas las demás agregaciones (p <0,01). Los microbiomas del tiburón ballena de La Paz eran diferentes a los de Filipinas y Tanzania (p = 0,04), pero, curiosamente, no hubo diferencias entre los microbiomas del tiburón ballena de Tanzania, Ningaloo y Filipinas, que se encuentran en la región del océano Índico.

Estructura de red de taxonomía microbiana de tiburones ballena en los cuatro lugares, incluidos los microbiomas de Cancún, La Paz, Ningaloo y Filipinas. (A) Las redes se calcularon con el algoritmo SpiecEasi. Los nodos de la red se han orientado de manera que los nodos con grados grandes (más aristas) estén centralizados mientras que los nodos con grados más bajos sean periféricos. El color de los nodos representa el clúster asignado. (B) Distribución de grados para redes derivadas de microbiomas en comparación con patrones de distribución de grados modelados. Las distribuciones de grados para las redes derivadas del microbioma se indican como una línea en negrita en los gráficos bigráficos, mientras que la región sombreada representa las densidades estimadas de 5000 redes Erdos-Renyi generadas. La línea vertical de puntos (†) demuestra el grado medio (número de bordes) de todos los nodos en las redes de microbiomas. Las inserciones dentro de cada gráfico biográfico indican distribuciones de valores p de 5000 pruebas. La línea de puntos dentro de la distribución del valor p representa un límite de 0,05. Los símbolos en la figura incluyen: † valor medio en grados de la red derivada del tiburón ballena; * el número de nodos en la red derivada del tiburón ballena; ** modularidad para redes derivadas de tiburones ballena; °valores de modularidad superior e inferior para redes modeladas.

Para determinar los patrones de microbioma emergentes, se comparó la arquitectura de la red en cuatro de las cinco agregaciones (se excluyó Tanzania debido al bajo tamaño de la muestra) (Fig. 3a, b). El número de familias taxonómicas (nodos) en cada red osciló entre 101 (Cancún y Ningaloo) y 160 (Filipinas) con grados medios de nodo de 2,1, 2,4, 3,8 y 3,9 (número medio de co-ocurrencias con otras familias microbianas; Ningaloo , Cancún, Filipinas y La Paz, respectivamente (Fig. 3a). Las curvas de distribución de grados de los microbiomas en las cuatro ubicaciones fueron consistentes (Fig. 3b). Como no existe una forma acordada para comparar las distancias de las redes17 y nuestro objetivo era comparar las propiedades estadísticas de cada red entre sí, realizamos comparaciones de modelos nulos. Cada red creada por microbioma se comparó con 5000 redes aleatorias G(m, n) con arranque generadas en función del número de nodos y bordes para cada ubicación (Kolmogorov Smirnov de dos muestras: p > 0,05 en 19.997 de un total de 20.000 arranques; Fig. 3b). Estas redes de microbiomas de todas las agregaciones compartían características de red global similares (es decir, el número de familias microbianas covariantes), cada una consistente con la de una red Erdos-Renyi. En otras palabras, cada red de microbiomas era consistente con la comparación del modelo nulo. Curiosamente, la estructura de subred de cada red creada por microbioma mostró modularidad, un atributo que las redes aleatorias no poseen. Las puntuaciones de modularidad de las redes creadas por microbioma (Cancún: 0,70; La Paz: 0,58; Ningaloo: 0,71; Filipinas: 0,60) fueron superiores al umbral de confianza superior del 95 % para las puntuaciones de modularidad de las redes aleatorias (IC superior; Cancún: 0,69; La Paz: 0,52; Ningaloo: 0,69; Filipinas: 0,52), lo que indica una diferencia significativa y, por lo tanto, demuestra una estructura comunitaria subyacente en la topología de la red del microbioma. La modularidad indica que algunas familias microbianas tienen una coexistencia más fuerte con un conjunto de familias microbianas en relación con el resto de los microbios, por lo que forman grupos dentro de la red. Cada red tenía ~ 11 grupos de familias microbianas (Cancún—12; La Paz—11; Ningaloo—12; Filipinas—10). Sin embargo, la membresía familiar dentro de un grupo no fue consistente en todas las ubicaciones. También determinamos si la importancia de las familias microbianas, medida como centralidad de intermediación (aquellas con mayor número de aristas) se correspondía con la abundancia relativa de la familia microbiana (Fig. 4). Curiosamente, los aumentos en el número de aristas no se correspondieron con un aumento en la abundancia relativa de lecturas en cada familia microbiana; un patrón consistente en cada ubicación. Por lo tanto, los microbios que tienen una abundancia relativa baja en el microbioma desempeñan un papel desproporcionadamente grande en la arquitectura del microbioma, lo que sugiere que se trata de especies de microbioma clave.

La distribución de las puntuaciones de centralidad de intermediación para cada familia microbiana se traza en función de su número de bordes para cada ubicación. El tamaño de los símbolos corresponde a la abundancia relativa media de cada familia microbiana.

Para evaluar más a fondo la variación en taxones importantes entre los microbiomas del huésped, construimos genomas ensamblados en metagenomas (MAG). Se generaron un total de 118 MAG, 35 de los cuales eran de alta calidad con una integridad ≥ 70% y una contaminación ≤ 5% (Fig. 5a, b)18. Había 268 contigs > 50.000 pb y el contig más largo tenía 430.630 pb. La contribución de las lecturas a los MAG fue alta en todas las agregaciones (Filipinas—64,2%; Cancún—54,4%; Tanzania—38,7%; La Paz—28,5%; Ningaloo—11,1%). Los MAG se anotaron en cinco clases microbianas, incluidas proteobacterias alfa, gamma y beta; Citofagia; y Flavobacterias (Fig. 5a). MAG-bin 39 solo se anotó en el filo Proteobacteria, mientras que solo un MAG (Bin 107—Pseudomonas stutzeri) pudo anotarse a nivel de especie, lo que sugiere que los miembros microbianos en el microbioma del tiburón ballena son bastante novedosos. Hubo varios MAG en los que todas las agregaciones contribuyeron con lecturas por igual (p. ej., Bin 91-Flavobacteriaceae, Bin 107—Pseudomonadaceae, Bin 42—Erythrobacteraceae) y otros donde una sola ubicación contribuyó en exceso (p. ej., Bin 62; Cancún—Flavobacteriaceae, Bin 100; Cancún—Pseudoalteromonadaceae, Bin 3; Filipinas—Chromatiaceae). De los 35 MAG, 25 se encontraron en todas las agregaciones, mientras que faltaban ocho en Ningaloo, dos en Filipinas y dos en Cancún. Los 35 MAG estuvieron representados en los microbiomas del tiburón ballena de La Paz y Tanzania. La identidad familiar de los MAG se corresponde con varias de las familias más relativamente abundantes identificadas mediante anotaciones de lectura breves, incluidas Flavobacteriaceae, Pseudoalteromonadaceae y Pseudomonadaceae. Alteromonadaceae, la familia anotada de lectura corta más abundante, no estuvo representada en los MAG de alta calidad, lo que sugiere que esta familia puede tener una alta diversidad a nivel de especie, con especies en abundancia relativamente baja.

Los 35 genomas ensamblados con metagenomas (MAG) más completos. (A) Ubicación filogenética de MAG en relación con otros MAG con color de hoja que indica la asignación taxonómica a nivel de clase. (B) La tabla y el mapa de calor incluyen estadísticas MAG, con los colores correspondientes al porcentaje relativo medio de lecturas de metagenomas en cada ubicación que contribuyen a los MAG y la identificación taxonómica jerárquica de cada MAG. El sombreado de la identificación taxonómica de cada MAG se basa en clases microbianas. El mapa de calor se generó utilizando pheatmap v. 1.0.12 (https://cran.r-project.org/web/packages/pheatmap/index.html) en el paquete R.

La agrupación de la abundancia de genes dentro de subsistemas funcionales definió cinco grupos primarios de MAG (Fig. 6). El ecogrupo 1 era un grupo de Bacteroidetes con MAG identificados en las clases Flavobacteria y Cytophagia y principalmente presentes en tiburones ballena en todos los lugares (6 de 9 MAG). Sin embargo, el contenedor 7 no se encontró en Ningaloo, y los contenedores 1 y 57 no se encontraron en Cancún. Las funciones genéticas sobrerrepresentadas en el grupo Bacteroidetes incluyeron nitrógeno, adquisición de hierro, aminoácidos y funciones de motilidad y quimiotaxis, lo que sugiere el papel de este grupo en el metabolismo de los nutrientes traza. El ecogrupo 2 era más diverso y los MAG se identificaron como Alfa, Beta, Gammaproteobacteria y Flavobacteriia. Nuevamente, la mayoría de los MAG en este grupo se distribuyeron en las cuatro ubicaciones (16 de 23 MAG). Las funciones genéticas sobrerrepresentadas en este grupo incluyeron el metabolismo de compuestos aromáticos; sistemas de secreción tipo I, II y III; y esfingolípidos. El metabolismo del carbono, incluida la utilización de mono, di y oligosacáridos, también estuvo sobrerrepresentado, lo que sugiere el papel de este grupo en el metabolismo del carbono. Hubo tres MAG que no se agruparon, lo que indica que cada uno tenía funciones genéticas únicas. Los MAG de estos grupos se anotaron como Pelagibacteraceae (Bin 32), géneros Acinetobater (Bin 49) y Pseudomonas sturtzeri (Bin 107); cada contenedor estaba presente en todas las ubicaciones. Pelagibacterceae tenía una representación excesiva de genes constitutivos, como una variedad de metabolismos de aminoácidos, transporte de carbono y vías de NAD a NADP y, curiosamente, carecía de genes de fotorrodopsina. Acinetobater tenía una sobrerrepresentación de genes asociados con interacciones huésped-patógeno, detección de quórum, sideróforos, bombas de eflujo de resistencia a múltiples fármacos, ácidos carbónicos y sistema de secreción de proteínas tipo VI. Pseudomonas sturtzeri tenía una sobrerrepresentación de genes implicados en el metabolismo de los polisacáridos, la respuesta al estrés, las bombas de eflujo de resistencia a múltiples fármacos, los sistemas de toxinas, los fosfonatos, las selenoproteínas, los genes transportadores y los flagelos de la motilidad.

Mapa de calor de los 35 MAG de alta calidad y la abundancia relativa de genes asociados con funciones metabólicas específicas. El rojo indica una mayor abundancia de genes, mientras que el azul una representación más baja dentro de cada subsistema funcional obtenido de la anotación de los MAG en la base de datos PATRIC. Los colores a lo largo del eje x superior corresponden a la clase taxonómica a la que se asignó cada MAG y los colores a lo largo del eje y corresponden a la superclase a la que pertenece cada subsistema. Los puntos negros a lo largo del eje x inferior representan los MAG que se encuentran en todas las ubicaciones. El mapa de calor se generó utilizando pheatmap v. 1.0.12 (https://cran.r-project.org/web/packages/pheatmap/index.html) en el paquete R.

El microbioma se considera cada vez más como algo más que la suma de sus partes, y aquí corroboramos esta opinión de que los microbiomas de grupos discretos de tiburones ballena de todo el mundo tienen características arquitectónicas de microbioma consistentes. Confirmamos que el patrón de arquitectura emergente surge independientemente de la diversidad y composición del microbioma. Esto sugiere una relación fundamental entre el huésped y su microbioma que modula la arquitectura microbiana en lugar de la diversidad por sí sola. Por lo tanto, la alteración de estas propiedades arquitectónicas puede proporcionar un indicador temprano de disbiosis o microbiomas no saludables. Además, se identificaron dos ecogrupos microbianos en todas las ubicaciones y se definieron como el núcleo abundante a pesar de que algunos MAG solo están presentes en algunas ubicaciones. Por lo tanto, las funciones genéticas potenciales de los dos ecogrupos pueden ayudar a estabilizar o facilitar una arquitectura de red consistente mediante la mineralización de sustratos altamente abundantes en los microbiomas del tiburón ballena.

Arquitecturas de red similares dentro del microbioma en agregaciones de tiburones ballena indican autoorganización dentro de estas comunidades y, por lo tanto, nichos ecológicos similares19, 20. La autoorganización no depende de las identidades taxonómicas de miembros importantes de la comunidad (aquellos con un gran número de interacciones previstas dentro del red), consistente con los resultados encontrados en experimentos de biorreactores que mantuvieron las actividades del ciclo del carbono12. Por lo tanto, es probable que los microbiomas del tiburón ballena realicen funciones similares en cada ubicación, lo que sugiere una asociación con el huésped. Además, la arquitectura de la red es inherentemente jerárquica11, por lo que la caracterización de los atributos de los niveles de la red, incluso a nivel de red completa, subred y nodo, revela cambios ecológicos en el funcionamiento del microbioma. Por ejemplo, la complejidad de la red de las comunidades microbianas del suelo disminuyó con una mayor intensidad de cultivo21 y las redes de la rizosfera se volvieron más organizadas y complejas a medida que las plantas maduraron22. Por lo tanto, la consistencia de las redes de microbiomas del tiburón ballena, independientemente de su ubicación, sugiere que procesos ecológicos similares están dando forma a los microbiomas epidérmicos del tiburón más grande del mundo; quizás un fenómeno impulsado por una característica del huésped, como los efectos de filtrado del moco secretado por la superficie epidérmica y/o de los dentículos dérmicos23.

Los microbiomas complejos forman redes de alimentación cruzada que se espera que medien la estructura de subredes, por ejemplo, la modularidad24. Los tiburones ballena de las diferentes agregaciones tenían consistentemente modularidad o estructura de subred del microbioma epidérmico a pesar de las distintas ubicaciones geográficas. La modularidad sugiere una diferenciación de nicho que resulta de una fuerte selección, como el filtrado del huésped25, o interacciones microbio-microbio en forma de cooperación y/o competencia12. Además, las redes mostraron que familias microbianas importantes, definidas como aquellas con muchas interacciones, son escasas. En experimentos con biorreactores, cuando las comunidades microbianas se estabilizaron, la comunidad se volvió altamente conectada y los microbios clave (altamente conectados) eran escasos8. Si bien el papel de las piedras angulares no se examinó explícitamente, sugerimos que este grupo tiene un impacto desproporcionadamente grande en la estructura total de la comunidad al realizar procesos metabólicos especializados26. La evidencia experimental de una cultura comunitaria multiplicativa demostró que los microbios clave tenían metabolismos especializados, incluida la degradación de la celulosa y la quitina, cada uno de los cuales era metabólicamente costoso de utilizar como fuente de energía27. Por lo tanto, los microbios que ocupan la posición clave son cruciales para la estructura de la red y futuras investigaciones revelarán el papel de estos microbios en el microbioma epidérmico del tiburón ballena.

El núcleo abundante se identificó ensamblando las lecturas individuales en genomas ensamblados en metagenoma (MAG). El número de MAG caracterizados en nuestro estudio (35 de alta calidad) fue similar al de otros dos estudios centrados en microbiomas de tiburones, uno que encontró 54 MAG de calidad alta/media en la superficie de la piel de tiburones leopardo (Triakis semifasciata)28 y otro que encontró 27 MAG de muestras fecales de dos especies de tiburones29. Estos abundantes microbios centrales pueden estar apoyando los patrones arquitectónicos del microbioma al proporcionar procesos metabólicos. Por ejemplo, abundantes grupos microbianos cultivados a partir de huecos naturales de árboles llenos de agua de lluvia impulsaron procesos masivos que incluyen la respiración, el potencial metabólico y la producción celular de la comunidad total27. El núcleo abundante del microbioma del tiburón ballena se dividió en dos ecogrupos en función de la presencia de subsistemas funcionales genéticos potenciales. Los MAG dentro de los dos ecogrupos exhiben variación en su abundancia entre las ubicaciones de la muestra, lo que respalda los resultados observados en las redes de que los grupos microbianos importantes no tienen por qué ser los mismos grupos taxonómicos y que se está produciendo una redundancia funcional. El ecogrupo 1 estaba compuesto por nueve MAG identificados como microbios Flavobacteriia y Cytophagia. Curiosamente, los microbios de estos grupos taxonómicos se asocian comúnmente con los microbiomas del moco de los peces30 y pueden indicar un papel similar en el microbioma epidérmico. Se encontraron MAG de Flavobacteracaea en el microbioma epidérmico del tiburón leopardo (T. semifasciata)28, lo que sugiere que esta familia microbiana puede ser un simbionte de peces marinos (óseos y cartilaginosos). Las vías genéticas del Ecogrupo 1 respaldan el papel de este grupo como simbiontes del microbioma de la piel que utilizan moco. El moco, que se secreta en la superficie de la piel de los peces31, está compuesto de fibras en forma de cepillo formadas a partir de cadenas principales de glicoproteínas que están cubiertas de aminoácidos unidos por O, que son ricos en nutrientes esenciales necesarios para la actividad microbiana, incluidos azufre, nitrógeno y fósforo32. Los MAG del Ecogrupo 1 se discriminaron del Ecogrupo 2 por la presencia de vías genéticas para mineralizar los abundantes aminoácidos que se encuentran en este entorno. Se demostró experimentalmente que la modificación del agua de mar con moco de pescado desencadena una rápida mineralización microbiana, como lo demuestra un rápido aumento de amonio33, lo que demuestra la respuesta microbiana a los componentes del moco. El ecogrupo 1 también tuvo una representación excesiva de genes relacionados con la motilidad y la quimiotaxis, lo que sugiere que este grupo es importante en el establecimiento físico de la comunidad microbiana, como se observa en los sistemas de raíces de las plantas34 y el moco de coral35. Los microbios también pueden utilizar la quimiotaxis para superar los efectos inhibidores de los patrones físicos producidos por los dentículos dérmicos de los elasmobranquios. En sistemas modelados, la topografía de la superficie de la epidermis de los tiburones redujo la formación de biopelículas de grupos microbianos médicamente relevantes36. Además, dos MAG identificados como Algoriphagus (bin 77 y 56) producen lípidos que inhiben el desarrollo de coanoflagelados37, lo que indica un papel potencial en la inhibición o competencia con microeucariotas y otros grupos microbianos por el espacio. Predecimos que Flavobacteriia y Cytophagia son miembros cruciales del microbioma, ya que se encontraron en todos los lugares.

Los microbios del Ecogrupo 2 eran más diversos y tenían 25 MAG identificados como Alfa, Beta y Gammaproteobacterias; y Flavobacteriia. El subsistema genético presente en este ecogrupo también fue muy diverso e indicativo de microbios que impulsan interacciones microbiano-huésped y/o microbio-microbio, además de poner a disposición oligómeros de azúcar más cortos para la alimentación cruzada. Por ejemplo, la sobrerrepresentación de clases de genes asociados con el metabolismo de compuestos aromáticos, sistemas de secreción tipo I, II y III38 y esfingolípidos39 sugiere que los microbios interactúan con el entorno circundante y utilizan subestados del huésped. Curiosamente, se ha sugerido que los espingolípidos interactúan con el receptor de la piel de la trucha arco iris (Oncorhynchus mykiss) para modular la homeostasis de la mucosa40, lo que posiblemente sugiere que las alfaproteobacterias a partir de las cuales se identificaron los genes de los esfingolípidos pueden tener un papel similar en la piel del tiburón ballena, ayudando a modular la piel. moco. También se identificaron espinolípidos en los microbiomas epidérmicos de los tiburones leopardo (Triakis semifasciata) durante 3 años41, por lo que los espongolípidos pueden ser un miembro importante del microbioma epidérmico de los elasmobranquios. Además, la presencia de subclases de genes que representan la utilización de carbono y compuestos exopolímeros, incluidos los metabolismos de polidi y oligosacáridos, sugiere capacidad mucolítica para obtener energía y la liberación de otros nutrientes limitantes dentro del moco. Los MAG construidos a partir de la superficie epidérmica de dos especies de mantarrayas (Myliobatis californica y Urobatis halleri) contenían vías para la descomposición de carbonos de cadena larga (es decir, polisacáridos)42, lo que sugiere que esta es una vía común entre los miembros del microbioma epidérmico de elasmobranquios.

Los otros tres MAG que no se agruparon con el Ecogrupo 1 o 2 poseían subsistemas genéticos muy diversos. El más notable es Pelagibacteraceae MAG (Bin 32), que se encontró en cada ubicación y es un grupo microbiano pelágico común43, por lo que posiblemente se trate de contaminación de la columna de agua circundante. Sin embargo, Pelagibacteraceae se encuentra en el microbioma epidérmico de los tiburones de arrecife de punta negra (Carcharhinus melanopterus)44 y en el microbioma del moco de coral45 y, por lo tanto, puede ser un habitante de los microbiomas del tiburón ballena.

La diversidad y la estructura composicional proporcionan una visión ecológica de los tiburones ballena, ya que el microbioma epidérmico del huésped fue mejor predicho por la agregación de tiburones ballena, lo que revela la posibilidad de una firma ambiental. La superficie epidérmica de los tiburones ballena permanece en contacto con la columna de agua, que a su vez alberga una comunidad microbiana distinta23 y sirve como reservorio ambiental o reserva regional de posibles colonizadores microbianos. Las comunidades microbianas del tiburón ballena eran diferentes a las comunidades microbianas de la columna de agua, similares a otros microbiomas de tiburones23. Sin embargo, debido a su comportamiento de movimiento, los tiburones ballena exponen regularmente la superficie de su piel a condiciones ambientales extremas. Por ejemplo, en el Golfo de México, los tiburones ballena se desplazan hasta 52,3 km/día46 y se sumergen a grandes profundidades, exponiendo a los microbios a temperaturas que oscilan entre 30 °C en la superficie y 4 °C en las profundidades47, 48. Patrones de diversidad del microbioma en los tiburones ballena también puede estar determinada por efectos de agregación inherentes, incluida la dieta, como se observa en otras especies de peces49. Los tiburones ballena en Filipinas50 y Tanzania51 comen principalmente camarones serglétidos, mientras que los tiburones ballena de La Paz se alimentan de flores de copépodos52, y la agregación cerca de Cancún ingiere huevos de peces53. La estructura genética también fue un predictor moderado de la estructura del microbioma. Los tiburones ballena tienen dos poblaciones inferidas basadas en la genética54: un grupo del Atlántico y del Indo-Pacífico. Los impulsores del microbioma a nivel de población pueden deberse a diferencias metabólicas inherentes entre el huésped y el huésped, o a factores que covarían con las poblaciones de tiburones ballena, como las regiones globales utilizadas por los tiburones, como se analizó anteriormente. Los estudios en otras especies marinas muestran composiciones de microbiomas que corresponden a la estructura de la población huésped, como en algunas esponjas55, y a la variación en la estructura de haplotipos dentro de las poblaciones, como el fitoplancton Thalassiosira rotula56. Los tiburones ballena tienen diversas estructuras de haplotipos57 que pueden ser un importante predictor del microbioma. estructura observada en todas las agregaciones; sin embargo, no probamos esta relación aquí.

En resumen, hemos identificado la arquitectura fundamental del microbioma epidérmico de los tiburones ballena de todos los océanos del mundo. Nuestros resultados proporcionan evidencia de un proceso de ensamblaje inherente, que la diversidad del microbioma por sí sola no ha descubierto. Al caracterizar los patrones fundamentales del microbioma del tiburón ballena, un miembro del grupo de vertebrados más antiguo existente, revelamos una estructura de microbioma emergente que puede ser ubicua en todos los organismos vertebrados, incluido el huésped humano. Por lo tanto, la arquitectura del microbioma proporciona un punto de referencia a partir del cual interrogar la estructura del microbioma saludable, lo que probablemente revela relaciones subyacentes entre el microbioma y el huésped. Por otro lado, la estructura de diversidad del microbioma es más informativa para identificar aspectos ecológicos de las adaptaciones en respuesta a atributos plásticos del huésped, como el medio ambiente o la dieta. Además, surgieron dos ecogrupos que sugieren que existen dos nichos ecológicos en el abundante microbioma central, y estos grupos pueden proporcionar energía a otros grupos microbianos, como las piedras angulares que sustentan la arquitectura del microbioma. Los MAG se identificaron como grupos microbianos que se encuentran comúnmente en el microbioma de la piel de los peces teleósteos; sin embargo, solo uno pudo identificarse a nivel de especie, lo que sugiere que nuevas especies microbianas están ocupando un nicho central abundante y ecológicamente importante dentro del microbioma del tiburón ballena.

Se estudiaron los microbiomas de la epidermis de 74 tiburones ballena individuales de varios lugares a nivel mundial (Fig. 1). Se tomaron muestras de cinco agregaciones entre 2017 y 2018, que incluyeron 14 tiburones ballena de La Paz (24°18′31.5′′ N; 110°37′42.5′′ W) en febrero de 2017; 19 de Cancún, México (21°23′49.59′′ N; 86°37′24.16′′ W) en julio de 2017; seis de la isla Mafia, Tanzania (7°52′56.67′′ S 39°39′22.35′′ E) en noviembre de 2017; 16 de Ningaloo Reef, Australia (22° 04′32.78′′ S; 113°39′06.26′′ E) en junio de 2018; y 19 de Oslob, Filipinas (9°30′32,3 N; 123°25′01,8) en julio de 2018. El bajo número de muestras de Tanzania se debió a que los tiburones se agregaron más tarde de lo previsto. Se tomaron microbiomas de la superficie epidérmica a lo largo de la superficie dorsolateral en línea con la primera aleta dorsal (Fig. 1). Las muestras se recolectaron utilizando un dispositivo de jeringa de dos vías que hace circular agua de mar filtrada (filtro de 0,02 µm) sobre la superficie de la piel antes de ser aspirada por la parte posterior de la jeringa58, 59. Este proceso permite tomar muestras de microbios de tiburones ballena sumergidos, minimizando al mismo tiempo el agua de mar. contaminación del microbioma. De cada tiburón tomamos cuatro jeringas, lo que dio como resultado aproximadamente 180 ml de muestra de agua que luego se pasó a través de un filtro Sterivex de 0,22 µm (Millipore, EE. UU.), atrapando toda la vida microbiana en el filtro. Los filtros Sterivex se sellaron con parafilm y se almacenaron en hielo hasta un almacenamiento prolongado a -20 °C. Los microbiomas epidérmicos fueron el foco de la investigación, porque son mínimamente invasivos, y se examinó un área específica del tiburón, lo que les permitió continuar alimentándose/nadando con una interrupción mínima. El manejo y la ética de los animales se revisaron en la Universidad Estatal de San Diego a través de IACUC bajo el permiso APF #14-05-011D, APF #17-11-010D, APF # 18-05-007D y todos los métodos se realizaron de acuerdo con los permisos de IACUC.

El material genómico se extrajo directamente de los filtros Sterivex utilizando un protocolo de purificación en columna giratoria modificado del kit Nucleospin Tissue (Macherey-Nagel, Allentown, PA, EE. UU.). La modificación del procedimiento de extracción incluyó la primera incubación de filtros Sterivex sellados con 720 µl de tampón T1 y 90 µl de proteinasa K (2,5 mg/ml) a 55 °C con rotación durante la noche. La extracción posterior siguió el protocolo del fabricante. El ADN se preparó para la secuenciación utilizando el kit de ADN Accel-NGS 2s Plus (Swift Biosciences, Ann Arbor, MI, EE. UU.) para la secuenciación de extremos emparejados con los ciclos Illumina MiSeq v3 600 (San Diego, CA, EE. UU.). Se codificaron las muestras con códigos de barras y los microbiomas del tiburón ballena se mezclaron con una variedad de muestras de microbiomas (p. ej., muestras de microbiomas de algas marinas, peces, rayas y pastos marinos) y los estudiantes universitarios de la clase de metagenómica ecológica de la Universidad Estatal de San Diego los analizaron en varias secuenciaciones.60

La calidad de los 74 archivos fastq sin procesar se controló por primera vez utilizando PRINSEQ61 con parámetros configurados para retener lecturas con una longitud mínima de 100 pares de bases, sin bases ambiguas (N), un puntaje de calidad mínimo de 20 y sin duplicados exactos. Después del control de calidad, se retuvo una media de 86,4 ± 0,8 % de las lecturas. Solo se anotaron lecturas directas para generar anotaciones taxonómicas y de funciones genéticas. La identidad taxonómica se asignó utilizando Focus62, una herramienta diseñada para una anotación rápida al hacer coincidir los perfiles de k-mer calculados a partir de lecturas metagenómicas con los perfiles de k-mer precalculados de genomas de base de datos de referencia (Fecha de la base de datos del genoma de referencia: 2018).

Se construyeron redes para examinar la arquitectura a nivel de familia microbiana del microbioma epidérmico de tiburones ballena de diferentes agregaciones. Las redes intentan reconstruir patrones de coocurrencia basados en las relaciones de abundancia de organismos en una comunidad. La arquitectura de las redes se basa en la distribución del número de miembros conectados (distribución de grados) y la formación de estos miembros en grupos (modularidad)63. Las muestras metagenómicas son compositivas y sufren de un tamaño de muestra bajo en relación con el número de co-ocurrencias (es decir, covariación de Especies 1 a Especies 2), por lo que para superar estas limitaciones, construimos redes utilizando el algoritmo SpiecEasi (versión 1.0.7)64 que combina transformaciones específicas de valores compositivos y un modelo gráfico subyacente que asume datos escasos. Debido a la gran cantidad de grupos microbianos raros inherentes a los conjuntos de datos de la comunidad metagenómica, eliminamos los taxones que tenían menos de una media de 100 lecturas totales en todos los metagenomas. El análisis de red es sensible al tamaño de la muestra; por lo tanto, excluimos las muestras de Tanzania (n = 6). Los valores de los parámetros para el oleoducto SpiecEasi fueron 'mb', 150 y 5e-2 para el esquema de inferencia de vecindad, nlambda y lamda.min.ratio, respectivamente. Estos valores se seleccionaron para maximizar la estabilidad de la red (0,05 según la recomendación de SpiecEasi) y se obtuvieron utilizando la función getStability en el paquete SpiecEasi. Las matrices de adyacencia resultantes se convirtieron en objetos igraph con la función adj2igraph en el paquete SpiecEasi. Las visualizaciones de la red se realizaron dentro de Gephi 0.9.2 y el análisis se ejecutó utilizando el paquete Python networkx (2.6), donde la detección de la comunidad se llevó a cabo con la maximización de la modularidad de Clauset-Newman-Moore65 antes de calcular la puntuación de modularidad. Para determinar si las estadísticas de la red (como la modularidad) fueron impulsadas por las distribuciones de grados o por estructuras de escala más pequeñas en el gráfico, para cada red empírica (cuatro ubicaciones) iniciamos 5000 aleatorizaciones preservadas por grados y calculamos las mismas estadísticas para encontrar sus medias y intervalos de confianza dentro de los conjuntos aleatorios.

Determinamos si las distribuciones de grados de la red se ajustan a los modelos generativos clásicos de Erdos-Renyi (también conocidos como redes aleatorias) o redes sin escala. Una red se considera Erdos-Renyi si un borde tiene la misma probabilidad de conectar dos nodos cualesquiera, o escala libremente si la mayoría de los nodos no están altamente conectados pero hay 'centros' donde un solo nodo se conecta a muchos otros, creando una distribución de grados de ley de potencia66 . Por lo tanto, para comparar las distribuciones de grados empíricos con un modelo generativo nulo, para cada agregación, tomamos muestras de 5000 \(G(m,n)\) gráficos aleatorios, con \(m\) nodos y \(n\) aristas según la red empírica; las 5000 redes se extraen uniformemente al azar del conjunto de todos los gráficos \(G(m,n)\) posibles. Se utilizaron pruebas de Kolmogorov Smirnov de dos muestras entre la distribución de grados de la red de conjunto empírico y aleatorio para generar una distribución de valor p para aceptar o rechazar la hipótesis nula de que la distribución de grados de la red empírica es consistente con a \(G(m,n)\ ) gráfico aleatorio. Tenga en cuenta que las propiedades de los gráficos aleatorios \(G(m,n)\) son, en este caso, bastante similares a los gráficos aleatorios \(G(n,p)\) como tenemos \(m\approx \left(\ genfrac{}{}{0pt}{}{n}{2}\right)p\), donde \(p\simeq 0.025\). Un cuaderno Jupyter que implementa el análisis de red está disponible en: https://github.com/jcmckerral/whalesharknetworks

Para explorar si los tiburones ballena tienen un microbioma central, a pesar de la gran separación geográfica entre las agregaciones, se construyeron genomas ensamblados en metagenomas (MAG) a partir de lecturas directas e inversas de los 74 metagenomas67. En resumen, las lecturas de R1 y R2 se concatenaron para ensamblarlas en contigs y se verificó la calidad del ensamblaje. Luego se agruparon los contigs y se verificó la calidad de cada MAG para verificar su integridad y contaminación utilizando CheckM68,69. Luego, las lecturas de cada muestra se asignaron a cada MAG para identificar cómo cada muestra contribuyó a la construcción de MAG. La taxonomía de los MAG y las funciones de los genes MAG se identificaron con PATRIC versión 3.6.9 utilizando el kit de herramientas RAST (RASTtk)70.

Los metagenomas se compararon utilizando la abundancia proporcional, un enfoque más sólido de la rarefacción71. La diversidad alfa se comparó utilizando varias métricas para evaluar cómo la abundancia y la riqueza influyeron en los patrones de diversidad. La riqueza (S) se calculó como el número total de familias encontradas en cada muestra y la uniformidad como el cociente del índice de Shannon (H`) y S, cada uno calculado en Vegan versión 2.5.7 con la función de diversidad. La diversidad efectiva se calculó entre muestras como e(H`)72. La distribución de la diversidad se comparó entre agregaciones con la prueba de Kruskal no paramétrica con pruebas de Dunn por pares utilizando la función dunn.test con kw = TRUE en el paquete dunn.test versión 1.3.5.

Las matrices de disimilitud se generaron con la función vegdist del paquete Vegan, con el método = 'bray' para la disimilitud de Bray-Curtis, para probar las diferencias en la composición taxonómica a nivel de familia entre agregaciones. La ordenación MDS se utilizó para visualizar patrones de diversidad beta y anova permutacional (PERMANOVA) para evaluar patrones de composición entre agregaciones utilizando la función adonis2 con configuraciones predeterminadas73. Los microbiomas se evaluaron mediante tres pruebas independientes que incluyeron agregación (n = 5), océano (n = 3) y población (n = 2). La anova permutacional por pares se realizó utilizando el paquete pairwiseAdonis (versión 0.0.1) y la función pairwiseadonis. Todas las visualizaciones se realizaron utilizando el paquete GGplot (versión 3.3.3) o el paquete pheatmap (versión 1.0.12). Todos los análisis se realizaron utilizando R versión 3.6.0. El código está disponible gratuitamente en https://github.com/mpdoane2/whaleshark_analysis.

El manejo y la ética de los animales fueron revisados en la Universidad Estatal de San Diego a través de IACUC bajo el permiso APF #14-05-011D, APF #17-11-010D, APF # 18-05-007D.

Los conjuntos de datos metagenómicos sin procesar generados para este proyecto están disponibles bajo el acceso de BioProject PRJNA808622.

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Nos gustaría agradecer a Stephanie Lo y Ben Billings Global Shark Research and Conservation Fund. El trabajo de campo en Tanzania fue apoyado por Aqua-Firma, WWF Tanzania, Shark Foundation, Waterlust y dos fideicomisos privados, y agradecemos a Mathias Igulu, Paul Kugopya, Liberatus Mokoki y Carlos Omari por su ayuda con la logística de campo. En Filipinas nos gustaría además agradecer a la Asociación de Pescadores y Guardianes del Mar de Tan-awan Oslob (TOSWFA) por ayudar en este proyecto y facilitar nuestro trabajo. El proyecto se llevó a cabo con el permiso del Municipio de Oslob, debidamente representado por el Excmo. Alcalde Jon Tumulak, mediante Consentimiento Informado Previo. La exportación de muestras de agua de Filipinas estaba bajo el permiso de exportación BFAR-7 n de la Oficina de Pesca y Recursos Acuáticos, Región 7, Departamento de Agricultura, Ciudad de Cebú, Filipinas. Los muestreos en Cancún y La Paz se realizaron bajo el permiso 03362 de la Secretaría de Medio Ambiennte Y Recursoso Naturales.

Estos autores contribuyeron por igual: Michael P. Doane y Michael B. Reed.

Universidad Flinders, Bedford Park, SA, Australia

Michael P. Doane, Jody McKerral, Bhavya Papudeshi, Robert A. Edwards y Elizabeth A. Dinsdale

Universidad Estatal Técnica y Agrícola de Carolina del Norte, Greensboro, Carolina del Norte, EE. UU.

Michael B. Reed

Universidad Estatal de San Diego, San Diego, California, EE. UU.

Laís Farias Oliveira Lima, Asha Z. Goodman, Taylor Dillon, Meredith Peterson y María Mora

Laboratorio Nacional Lawrence Livermore, Livermore, California, EE. UU.

Megan Morris

Estación Marina Hopkins, Departamento de Biología, Universidad de Stanford, Pacific Grove, CA, EE. UU.

shaili johri

Centro Australiano de Ecogenómica, Universidad de Queensland, Santa Lucía, QLD, Australia

Abigail C. Turnlund

Ch'ooj Ajauil AC, Cancún, Centro, México

Rafael de la Parra Venegas

CSIRO, Brisbane, Australia

Richard Pillan

Fundación Megafauna Marina, West Palm Beach, Florida, EE. UU.

Christoph A. Rohner y Simon J. Pierce

Departamento de Ciencias Biológicas y Ambientales, Universidad de Qatar, Doha, Qatar

Gonzalo Araujo

Fundación para la Investigación y Conservación Marina, Lydeard St Lawrence, Somerset, Reino Unido

Gonzalo Araujo

Tiburon Ballena Mexico de Conciencia Mexico, La Paz, Baja California Sur, Mexico

Deni Ramirez-Macias

Investigador independiente, Quezon City, Filipinas

Christine Legaspi

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MD y ED concibieron el diseño del proyecto. MR realizó el análisis de la red. Manuscrito redactado por MD y MR. RE y BP proporcionaron análisis bioinformáticos. MD, ED, MR, LFOL, JM realizaron análisis de datos. MD, ED, SP, CR, DR, RP, CL, GA, RPV, RE, MP, AT, TD ayudaron con la recolección de muestras y facilitaron las actividades en el sitio. Todos los autores ayudan con la interpretación de los resultados, brindaron comentarios y aprobaron el manuscrito final.

Correspondencia a Michael P. Doane o Elizabeth A. Dinsdale.

Los autores declaran no tener conflictos de intereses.

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Reimpresiones y permisos

Doane, MP, Reed, MB, McKerral, J. et al. Arquitectura comunitaria emergente a pesar de la marcada diversidad en el microbioma epidérmico global del tiburón ballena (Rhincodon typus). Informe científico 13, 12747 (2023). https://doi.org/10.1038/s41598-023-39184-5

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Recibido: 18 de octubre de 2022

Aceptado: 20 de julio de 2023

Publicado: 07 de agosto de 2023

DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-023-39184-5

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